29. KÖIDE, 4. NUMBER • DETSEMBER 2025.
2025 Liikumise häired Aasta arvustusartikkel
Neurodegeneratiivsete haiguste uurimine pika lugemisjärjestuse ja optilise genoomi kaardistamise tehnoloogiate abil
Meil on hea meel, et meile omistati „2025. aasta ülevaateartikli“ tiitel. Liikumise häired ajakirja. Pärast esitamist Liikumise häired Artiklis, mis kirjeldab kahte õde-venda, kelle fenotüüp ühildub PRKN-iga seotud Parkinsoni tõvega (PD), mis lahendati pika lugemise sekveneerimise (LRS) abil, kutsus peatoimetaja meid lahkelt üles kirjutama arvustuse, mis keskendub uutele tehnoloogiatele mittegeneetikutele suunatud publikule.
Ususime, et see ülevaade ilmus õigel ajal kahel põhjusel. Esiteks kasutas üha rohkem inimesi LRS-i neurodegeneratiivsete haiguste kontekstis ja üha rohkem tõendeid kirjandusest kinnitas selle võimet lahendada juhtumeid, mida ei olnud võimalik seletada kogu eksoomi või kogu genoomi lühikese lugemise sekveneerimisega. Teiseks avaldas Su jt 2021. aastal ajakirjas Neurology, seega tundus ajakohastamine vajalik. Meil oli hea meel kirjutist vastu võtta ja eesmärk oli pakkuda laia ülevaadet nii LRS-i kui ka optilise genoomi kaardistamise (OGM) hiljutistest saavutustest, samuti nende piirangutest, väljakutsetest ja tulevikuvõimalustest.
Inimese tunnuseid mõjutavad kolm peamist tüüpi geneetilisi variatsioone: väikesed variandid (variandid, mis sisaldavad vähem kui 50 aluspaari, mida nimetatakse ka ühe nukleotiidi variantideks ja insertsioonideks/deletsioonideks), lühikesed tandemkordused (tuntud ka kui korduste laiendused RE-d) ja struktuurivariandid (SV-d, deletsioonid, insertsioonid, duplikatsioonid, inversioonid, translokatsioonid). Paljudel tõenäoliselt monogeensetel häiretel puudub endiselt täpne molekulaarne diagnoos, peamiselt seetõttu, et tavapärased sekveneerimismeetodid ei ole SV-de ja RE-de tuvastamisel tõhusad, mis mõlemad on paljude neurogeneetiliste haiguste põhjuslikud tegurid. Seetõttu on mitmete algatuste eesmärk kasutada LRS-i ja/või OGM-i neurodegeneratiivsete haiguste geneetiliste aluste dešifreerimiseks. Esitasime ülevaates mitu põhjalikku näidet, et pakkuda lugejale arusaama LRS-i ja OGM-i saavutustest. Arutame, kuidas LRS võimaldas meil paljastada variante, mida lühikese lugemisega sekveneerimine ei tuvasta teadaolevates neurodegeneratiivsetes haigustes (nt PRKN, SPG4), ja avastada uusi põhjuslikke geene (nt neuronaalne intranukleaarne inklusioonhaigus ja NOTCH2NLC 5'UTR laiendus, spinotserebellaarne ataksia tüüp 4 ja ZFHX3). Samuti illustreerime LRS-i võimet iseloomustada korduste suurust ja motiivi, mis mõjutavad alguse vanust, penetranti, pärilikkust ja kliinilisi fenotüüpe (CANVAS ja RFC1, FXTAS ja FMR1, SCA27B ja FGF14). Kirjeldame ka võimalust LRS-i abil variante faasida ja eristada geenides olevaid variante nende pseudogeenis olevatest (GBA1, SORD2), samuti võimalust tuvastada uusi transkripte. Rõhutame ka optilise genoomi kaardistamise plusse ja miinuseid SV-de ja RE-de tuvastamisel. Kuigi neid tehnoloogiaid kasutatakse praegu enamasti teaduskeskkonnas, eeldame tulevikus laiemat rakendamist kliinilistes laborites. Loodame, et see ülevaade on abiks spetsialistidele nende kasulikkuse ja piirangute mõistmisel ning targal kasutamisel nii diagnoosimise kui ka uurimistöö kontekstis!
Kuula selle artikli kohta taskuhäälinguintervjuud:
Kuula nüüd
Loe edasi Liikudes edasi: